<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>Hi&nbsp;<span>Protik Das</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>1. I'm not familiar with jupyter notebook, maybe others can offer some suggestions.&nbsp;</span></p>
<p><span>2. If you want to use vasp5 style POSCAR while using vasp calculator, you need to add parameter (<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, &quot;Apple Color Emoji&quot;, &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols; font-size: 16px;">vasp5=True</span>)
 for write_vasp() function in&nbsp;<span>ase/calculators/vasp.py</span></span></p>
<p><span><span></span></span></p>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; write_vasp('POSCAR',<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.atoms_sorted,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; symbol_count=self.symbol_count,</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;vasp5=True)</div>
<div>3. While running vasp through 'VASP_COMMAND' environment variable, vasp output can be found in vasp.out.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes</div>
<div>Zeyuan Tang</div>
<br>
<p></p>
<div style="color: rgb(0, 0, 0);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> ase-users-bounces@listserv.fysik.dtu.dk &lt;ase-users-bounces@listserv.fysik.dtu.dk&gt; on behalf of Protik Das via ase-users &lt;ase-users@listserv.fysik.dtu.dk&gt;<br>
<b>Sent:</b> Friday, December 16, 2016 5:07 AM<br>
<b>To:</b> ase-users@listserv.fysik.dtu.dk<br>
<b>Subject:</b> [ase-users] viewing structure in jupyter notebook and vasp calculator</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Hi everyone,<br>
<br>
</div>
I need help regarding some issues. I thought it would be best to put them in one email rather than sending a bunch.<br>
<br>
</div>
1. For ase related coding I use jupyter notebook a lot. For that I would like to view my structures in the browser. Is there any interactive plotting library that works well with ase? I don't need anything fancy, just need to make sure that my structure is
 looking right<br>
<br>
I tried a few but they need a lot modification. Also the ase view gives me the following error:<br>
<pre><span class="inbox-inbox-ansicyan"><span class="inbox-inbox-ansigreen"><span class="inbox-inbox-ansicyan"><span class="inbox-inbox-ansigreen"><span class="inbox-inbox-ansicyan"><span class="inbox-inbox-ansigreen"><span class="inbox-inbox-ansicyan"><span class="inbox-inbox-ansigreen"><span class="inbox-inbox-ansired">FileNotFoundError</span>: [WinError 2] The system cannot find the file specified</span></span></span></span></span></span></span></span></pre>
I am using conda3 in windows 10.<br>
<br>
</div>
2. While using the vasp calculator, I have found that the POSCAR created by ASE is vasp v4 style. That means the 6th line does not have the name of the element. Is there any way to produce vasp v5 style POSCAR while using vasp calculator?<br>
<br>
</div>
3. For running my VASP calculation I am following this tutorial: <a href="https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/calculators/vasp.html" id="LPlnk929437" previewremoved="true">
https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/calculators/vasp.html</a> . I am using PBS job scheduling to run calculations. Usually with PBS or slum I could redirect the vasp output to a log file. But while using ASE, the output file only have the print outputs of python
 script and the vasp outputs are lost. Is there any way to redirect the vasp output to a file? For some cases like structural optimization this output file can come in handy.
<div id="LPBorder_GT_14818622274160.9226807604863128" style="margin-bottom: 20px; overflow: auto; width: 100%; text-indent: 0px;">
<table id="LPContainer_14818622274130.45862798025172924" cellspacing="0" style="width: 90%; background-color: rgb(255, 255, 255); position: relative; overflow: auto; padding-top: 20px; padding-bottom: 20px; margin-top: 20px; border-top: 1px dotted rgb(200, 200, 200); border-bottom: 1px dotted rgb(200, 200, 200);">
<tbody>
<tr valign="top" style="border-spacing: 0px;">
<td id="TextCell_14818622274140.35973527789749293" colspan="2" style="vertical-align: top; position: relative; padding: 0px; display: table-cell;">
<div id="LPRemovePreviewContainer_14818622274140.11892936099042428"></div>
<div id="LPTitle_14818622274140.5810652886037393" style="top: 0px; color: rgb(0, 150, 183); font-weight: normal; font-size: 21px; font-family: wf_segoe-ui_light, &quot;Segoe UI Light&quot;, &quot;Segoe WP Light&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; line-height: 21px;">
<a id="LPUrlAnchor_14818622274150.3945856019905494" href="https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/calculators/vasp.html" target="_blank" style="text-decoration: none;">VASP &#8212; ASE documentation</a></div>
<div id="LPMetadata_14818622274150.4757430976595809" style="margin: 10px 0px 16px; color: rgb(102, 102, 102); font-weight: normal; font-family: wf_segoe-ui_normal, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 14px;">
wiki.fysik.dtu.dk</div>
<div id="LPDescription_14818622274160.6118775045822584" style="display: block; color: rgb(102, 102, 102); font-weight: normal; font-family: wf_segoe-ui_normal, &quot;Segoe UI&quot;, &quot;Segoe WP&quot;, Tahoma, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 20px; max-height: 100px; overflow: hidden;">
Introduction¶ VASP is a density-functional theory code using pseudopotentials or the projector-augmented wave method and a plane wave basis set.</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<br>
<br>
<br>
</div>
Your help regarding this is really appreciated. Thanks.<br>
</div>
<div dir="ltr">-- <br>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Protik Das,<br>
ECE Graduate Student,<br>
LATTE <span><font color="#888888"><span>(</span><a>http://latte.ece.<span>ucr.edu</span></a><span>)</span></font></span>,<br>
University of California, Riverside.</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>