[ase-users] AssertionError upon running slab calculation

[Willem Offermans]

Dear ASE friends,

Can someone help me to solve the following problem.

My input file is:

<snip>j

        import numpy as np
        import math

        from ase import Atoms
        from ase.calculators.abinit import Abinit
        from ase.io.trajectory import Trajectory
        from ase.optimize import BFGS
        from ase.units import Ha
        from ase.units import Angstrom

        a = 2.789 * Angstrom

        unitcell = [
                [ 2.00000,  0.0000000000,  0.000000000000000],
                [ 1.00000,  math.sqrt(3),  0.000000000000000],
                [ 0.00000,  0.0000000000,  10*math.sqrt(2/3)]
                ]

        unitcell = np.multiply(unitcell, a)

        scal_pos = [
                [0.0000000000000000,  0.0000000000000000,  0.3000000000000000],
                [0.5000000000000000,  1.0000000000000000,  0.3000000000000000],
                [0.0000000000000000,  0.5000000000000000,  0.3000000000000000],
                [0.5000000000000000,  0.5000000000000000,  0.3000000000000000],
                [0.1666666666666667,  0.1666666666666667,  0.4000000000000000],
                [0.6666666666666667,  0.1666666666666667,  0.4000000000000000],
                [0.1666666666666667,  0.6666666666666667,  0.4000000000000000],
                [0.6666666666666667,  0.6666666666666667,  0.4000000000000000],
                [0.3333333333333333,  0.3333333333333333,  0.5000000000000000],
                [0.8333333333333333,  0.3333333333333333,  0.5000000000000000],
                [0.3333333333333333,  0.8333333333333333,  0.5000000000000000],
                [0.8333333333333333,  0.8333333333333333,  0.5000000000000000],
                [0.5000000000000000,  0.5000000000000000,  0.6000000000000000],
                [0.0000000000000000,  0.5000000000000000,  0.6000000000000000],
                [0.5000000000000000,  1.0000000000000000,  0.6000000000000000],
                [1.0000000000000000,  1.0000000000000000,  0.6000000000000000],
                [0.6666666666666666,  0.6666666666666666,  0.7000000000000000],
                [0.1666666666666667,  0.6666666666666666,  0.7000000000000000],
                [0.6666666666666667,  0.1666666666666667,  0.7000000000000000],
                [0.1666666666666667,  0.1666666666666667,  0.7000000000000000]
                ]

        slab = Atoms(scaled_positions=scal_pos,
                symbols='Pd20',
                cell=unitcell,
                pbc=[True,True,False]
                )

        WorkingDirectory = '/data/users/Public/woffermans/abinit/Pd/Pd_surface_GGA_PBE_PAW/Pd111/5M5V2x2/'

        intKpoints = 14
        intEcut = 30
        intPawEcut = 40

        calc = Abinit(command='./abinit.zip/abinit < PREFIX.files > pd.log',
              label='pd',
              ixc=11,
              xc='PBE',
              pps='pawxml',
              chksymbreak=0,
              occopt=3,
              tsmear=0.005
              )

        # one can specify abinit keywords also using set
        calc.set(toldfe=1.0e-6)  # warning - used to speedup the test
        calc.set(ecut=intEcut * Ha)  # warning - used to speedup the test
        calc.set(pawecutdg=intPawEcut * Ha)
        calc.set(kpts=[intKpoints, intKpoints, intKpoints])

        slab.set_calculator(calc)

        dyn = BFGS(slab)
        dyn = BFGS(slab, trajectory='Pd111_5M5V2x2.traj',restart='Pd111_5M5V2x2.pckl')
        dyn.run(fmax=0.05,steps=10)

</snip>

Upon running this python script, I got following error:

<snip>
….
    pbc=[True,True,False]
  File "/home/woffermans/.local/lib/python2.7/site-packages/ase/atoms.py", line 217, in __init__
    assert self.number_of_lattice_vectors == 3
AssertionError
….
</snip>

I assume that something is wrong with the slab definition. However I don’t know what.

Can someone help me out?